intel_pmu,intel_rdt plugins: apply formatting rules

Run script contrib/format.sh to format the code.
Replace zu with new collectd macro PRIsz.

Change-Id: I167b1065461e924d7ab260a35f85f5ab162c4165
Signed-off-by: Kamil Wiatrowski <kamilx.wiatrowski@intel.com>

intel_rdt: remove redundant code with utils_config_cores

Use utils_config_cores for core groups configuration so it is
in line with intel_pmu and reduce amount of redundant code.

Change-Id: If02e2eeea8bcf3e0df705ebcd9a6310b549b5ebe
Signed-off-by: Kamil Wiatrowski <kamilx.wiatrowski@intel.com>

intel_pmu plugin: implement core groups option

Having this option will allow to configure monitoring of PMU
events only on specific CPUs thus decrease number of opened
descriptors significantly and avoid 'Too many open files' errors.
New "Cores" option is similar to that available in intel_rdt plugin.
New tool utils_config_cores is added to parse "Cores" option.

Change-Id: I8f792e1f2560c4cf19aee101fdb07c925d682778
Signed-off-by: Kamil Wiatrowski <kamilx.wiatrowski@intel.com>

Merge pull request #2676 from elfiesmelfie/fix_intel_pmu_crash

intel_pmu: fix for possible null pointer dereference

intel_pmu: fix for possible null pointer dereference

Null pointer dereference could occur for invalid first hardware event.
In pmu_add_hw_events if the first event was not resolved, on the second
iteration the eventlist_last could be dereferenced to mark previous
event as group leader.

Change-Id: Ic2a2a3572d6835ca892d71f3e66812f356592d9e
Signed-off-by: Kamil Wiatrowski <kamilx.wiatrowski@intel.com>

Auto-Merge pull request #2629 from rpv-tomsk/fix-2626

Automatically merged due to "Automerge" label

ipmi plugin: Fix broken 'Sensor' configuration option

Auto-Merge pull request #2611 from rpv-tomsk/fix-2587

Automatically merged due to "Automerge" label

tail plugin, latency: Fix regressions after #2535

 - Remove two fixed decimal places from type instance of percentiles
 - Recover accuracy of bounds in type instance of buckets
 + Allow (compared to state before #2535) to report percentiles with fractional values
 * Changed maximum length of reported type and type instance to 50 chars

References: #2535
Closes: #2587

Auto-Merge pull request #2612 from rpv-tomsk/collectd-5.8-memcached

Automatically merged due to "Automerge" label

memcached: Check for closed connection to avoid deadloop

Check for 'recv(...) == 0' condition was missing.

df: fix memory leak in error case

Because the memory of the STATANYFS list is not released
when the read callback function error occurs,
a memory leak may occur.
With this change, the memory is always released
by not returning in the loop.

Signed-off-by: Florian Forster <octo@collectd.org>

Merge branch 'collectd-5.7' into collectd-5.8

Makefile.am: Fix out-of-tree builds.

Fixes: #2602

liboconfig: Coding style changes.

Mostly whitespace.

liboconfig: Improve error handling.

  * Use the YYERROR macro instead of exit(3).
  * Remove newlines from strings passed to yyerror().
  * Change return valud or yyerror() from int to void.

liboconfig: Check return values of calloc() and realloc().

CID: 38123

email plugin: Avoid strtok_r to tokenize input.

Coverity (wrongly) thinks that "type" might have been NULL (since its
first argument is non-NULL, this cannot happen). It has a point about
insufficient NULL-ness checks, though, as "tmp" may very well be NULL and
we're passing it to atoi() which will likely not take this well.

CID: 37988

Merge pull request #2590 from maryamtahhan/fix_collectd_ovs_deadlock

Fix collectd ovs deadlock

ceph plugin: Fix #2572

Signed-off-by: Florian Forster <octo@collectd.org>

Merge branch 'collectd-5.7' into collectd-5.8

table plugin: Add explicit NULL checks to clear functions.

CID: 37966

exec plugin: Check return value of plugin_thread_create().

CID: 37942, 37943

rrdtool plugin: Check return value of c_avl_get().

CID: 37940

Auto-Merge pull request #2589 from octo/cid/37960

Automatically merged due to "Automerge" label

utils_ovs: fix #2574

Poll thread was trying to reconnect after event thread was terminated.

Change-Id: I48bf196302139ddf99bb96b49a6c3b4ede345240
Signed-off-by: Mytnyk, Volodymyr <volodymyrx.mytnyk@intel.com>

Auto-Merge pull request #2588 from octo/cid/37968

Automatically merged due to "Automerge" label

contrib/format.sh src/perl.c

powerdns plugin: Remove the unused ret_buffer_size argument …

… from powerdns_get_data().

perl plugin: Fix exporting notification meta data.

Previously, the while loop ensured that meta was NULL, causing the for
loop to never been executed. This introduces a new temporary variable to
avoid changing meta before the for loop.

CID: 37960

powerdns plugin: Declare variables on first use.

powerdns plugin: Ensure powerdns_get_data() returns a non-NULL buffer.

Coverity is concerned that if buffer is NULL, strtok_r() is called with
two NULL arguments, causing a NULL pointer dereference.

CID: 37968

Merge branch 'collectd-5.7' into collectd-5.8

Auto-Merge pull request #2586 from octo/issue/2583

Automatically merged due to "Automerge" label

network_parse_test.c: Only test security features if libgcrypt is available.

Fixes: #2583

Auto-Merge pull request #2580 from octo/cid/179235

Automatically merged due to "Automerge" label

Auto-Merge pull request #2579 from octo/cid/179238

Automatically merged due to "Automerge" label

contrib/format.sh src/aggregation.c

aggregation plugin: Check return value of config functions.

CID: 179235

aggregation plugin: Declare variables on initialization.

virt plugin: Remove `do {} while(0)` loop around macro.

The `continue` in the macro was supposed to continue the `for` loop, but
was (unexpectedly) exiting the do…while loop instead.

CID: 179238

Auto-Merge pull request #2576 from octo/collectd-5.8

Automatically merged due to "Automerge" label

contrib/format.sh: Switch to custom domain name.

Auto-Merge pull request #2575 from octo/cid/37934

Automatically merged due to "Automerge" label

ping plugin: Lock the mutex later.

Coverity gets confused if holding the lock while allocating pingobj.

CID: 37934

Auto-Merge pull request #2568 from octo/cid/157645

Automatically merged due to "Automerge" label

set target: Fix memory leak.

CID: 157645

Auto-Merge pull request #2566 from octo/pr/2556

Automatically merged due to "Automerge" label

Merge branch 'collectd-5.7' into collectd-5.8

rrd plugin: Fix writing of long values.

The buffer provided for value_list_to_string() was not long enough to
fit a timestamp and a negative value using exponent and maximum
precision of the gauge format.

Signed-off-by: Florian Forster <octo@collectd.org>

Auto-Merge pull request #2565 from octo/cid/37966

Automatically merged due to "Automerge" label

table plugin: Refactor realloc() calls.

Increase the number of elements in the successful path only, instead of
increasing it immediately and decreasing on error.

table plugin: Assert that result_num is zero when result is NULL.

The Coverity check gets confused by the `tbl->results == NULL` check:
due to the check, is assumes that tbl->results *may* be NULL. It then
discovers the dereference in tbl_clear() without realizing that "result"
and "result_num" are linked and that situation can't happen. This
assertion makes this link a bit easier to conclude.

CID: 37966

Auto-Merge pull request #2563 from octo/cid/179225

Automatically merged due to "Automerge" label

Auto-Merge pull request #2562 from octo/cid/179233

Automatically merged due to "Automerge" label

Auto-Merge pull request #2561 from octo/cid/157643

Automatically merged due to "Automerge" label

Auto-Merge pull request #2560 from octo/cid/179237

Automatically merged due to "Automerge" label

Auto-Merge pull request #2559 from octo/cid/179236

Automatically merged due to "Automerge" label

gps plugin: Properly unlock mutex after waiting.

How did this ever work?!

CID: 158522

write_tsdb plugin: Unlock mutex before destroying it.

CID: 179224

write_graphite plugin: Unlock mutex before destroying it.

CID: 179225

src/utils_ovs.c: Initialize pdb->sock to -1 earlier.

ovs_db_destroy() was called before the field was initialized, leading to
close(0) being called.

src/utils_ovs.c: Assign variable only once.

CID: 179233

set target: Ensure that int being cast to size_t is positive or zero.

CID: 157643

write_sensu plugin: Unlock mutex before destroying it.

CID: 179237

src/utils_format_json.c: Check return values of yajl_gen_* functions.

CID: 179228, 179236, 179239

Update version to 5.8.0.

Merge branch 'collectd-5.7' into collectd-5.8

Auto-Merge pull request #2555 from octo/cid/179231

Automatically merged due to "Automerge" label

Auto-Merge pull request #2554 from octo/cid/179227

Automatically merged due to "Automerge" label

Auto-Merge pull request #2553 from octo/cid/179230

Automatically merged due to "Automerge" label

ovs_stats plugin: Fix null dereference of "port".

This also refactors the ovs_stats_update_iface_ext_ids() function to
handle errors, instead of many nested if blocks.

CID: 179231

write_riemann plugin: Unlock mutex before destroying it.

CID: 179227

processes plugin: Fix check for context switch counters.

CID: 179230

Auto-Merge pull request #2550 from octo/cid/179234

Automatically merged due to "Automerge" label

Auto-Merge pull request #2549 from octo/cid/179240

Automatically merged due to "Automerge" label

Auto-Merge pull request #2548 from octo/cid/42796

Automatically merged due to "Automerge" label

Auto-Merge pull request #2547 from octo/cid/81390

Automatically merged due to "Automerge" label

ovs_stats plugin: Minor code cleanup.

ovs_stats plugin: Add missing unlock.

CID: 179234

src/utils_ovs.c: Random coding style improvements.

src/utils_ovs.c: Don't set pthread_t to -1, use pthread_equal() to compare.

The assumption that pthread_t is a scalar is not portable.

src/utils_ovs.c: Unlock pdb->mutex before calling ovs_db_callback_remove_all().

CID: 179240

gps plugin: Fix double unlock.

CID: 179241

zfs_arc plugin: Allocate ksp later to avoid memory leak.

CID: 42796

Auto-Merge pull request #2546 from octo/cid/179229

Automatically merged due to "Automerge" label

snmp plugin: Ensure that index is within bounds.

CID: 81389, 81390

ovs_stats plugin: Fix a memory leak.

br_name would leak when jumping to cleanup_fail.

CID: 179229

Auto-Merge pull request #2540 from octo/cid/141009

Automatically merged due to "Automerge" label

Auto-Merge pull request #2539 from octo/cid/179243

Automatically merged due to "Automerge" label

Auto-Merge pull request #2538 from octo/cid/179244

Automatically merged due to "Automerge" label

libcollectdclient: Ensure vl->values_len is non-zero.

That size_t is then used to declare Variable Length Arrays. Hopefully
this helps to convince Coverity that pkg_values and pkg_values_types are
actually fully initialized.

CID: 141009, 141010

ovs_events plugin: Replace strncpy() with sstrncpy().

CID: 179243

snmp_agent plugin: Fix memory leak.

Allocate "entry" later so that the error handling blocks don't leak it.

CID: 179244

Merge branch 'collectd-5.7' into collectd-5.8

Auto-Merge pull request #2545 from octo/turbostat

Automatically merged due to "Automerge" label

contrib/format.sh src/msr-index.h src/turbostat.c

msr-index: include GPLv2 header

Signed-off-by: Florian Forster <octo@collectd.org>

turbostat: import msr-index header from linux

Since Linux 4.12, the kernel does not expose msr-index.h to the userland
anymore. This commit pulls and hardcode the required definitions.

Signed-off-by: Florian Forster <octo@collectd.org>

src/daemon/meta_data.c: Fix double unlock.

CID: 179245