src/sn_stage.h: Begin adding Doxygen documentation.

src/sn_stage.c: Added some parameter checks.

src/sn_network.h: Add missing documentation.

src/sn_network.h: All methods are documented now.

src/sn_stage.c: Fix comparison of signed and unsigned integers.

src/sn_{comparator,stage}.h: Add initial Doxygen stuff.

src/sn_network.[ch]: Rename the bitonic combine method.

The sn-merge utility has been improved to accept the "-b" option and
use the bitonic variant if supplied.

src/sn_network.h: Some more Doxygen documentation.

src/sn_network.h: Add Doxygen documentation for some functions.

sn-evolution-cut: Print details to the found individual.

Global: collectd → libsortnetwork

Added the best known networks for 9 and 10 inputs.

Added the best known networks for 13 and 16 inputs.

README: Document "sn-info".

sn-info: Add tool for displaying information about a network in human readable form.

sn-evolution2: Build this algorithm too when libpopulation is available.

sn-evolution-cut: Add new evolutionary algorithm for optimizing cuts through networks.

sn-evolution: Mark appropriate arguments as unused.

src/Makefile.am: Build the "sn-evolution" application if libpopulation is available.

configure.ac: Link with "pthread" if no libs are given explicitly.

sn-cut: Include "config.h".

configure.ac: Added check for libpopulation.

src/sn_network.c: Fix comparison between signed and unsigned.

sn-apply: Include "config.h".

sn-normalize: Include "config.h".

sn-show: Make it possible to display more than one network at once.

configure.ac: Define wanted C and POSIX versions.

README: Added some information about the utility programs.

Update copyright date and email address.

src/Makefile.am: Added more binaries to the Makefile.

Added empty README file.

Initial autotoolization.

pop_stats: Add module for population statistics.

Actually more offspring statistics, though.

src/sn-evolution2.c: Add `weights' for `total', `fails' and `stages'.

src/sn-evolution2.c: Clean up the mutation probability a bit.

src/sn-evolution2.c: Implement the -I option.

It loads a pre-generated network and uses it as initial population.

src/sn-shmoo.c: Add a generator for shmoo charts.

src/sn-batcher.c: Add program to create batcher mergesort networks.

src/sn-evolution2.c: Calculate mutation probability at runtime.

src/sn-evolution2.c: Make mutations more likely.

src/sn-evolution2: Added a true random evolutionary algorithm.

src/sn_network.c: Replace all tabs with spaces.

src/sn_network.c: Fix a bug in sn_network_normalize.

src/sn-oddevenmerge.c: Create a OEM-network.

The OEM code in sn_network.c has been improved to handle networks with
numbers of inputs that are *not* a power of two.

src/sn-evolution.c: Don't mutate large networks.

The required brute-force checking can only be done for small (e. g. 16
inputs) networks.

src/sn-evolution.c: Make the output a bit nicer.

src/sn_network.c: Implement shifting when using the bitonic merge.

Before adding the bitonic merger to a concatenated network, shift it by
a random amount of inputs. Because the merger is *bitonic* it'll still
be able to merge the result correctly.

src/sn_network.[ch]: Implement `sn_network_shift'.

src/sn_stage.[ch]: Implement `sn_stage_shift'.

src/sn_comparator.[ch]: Implement `sn_comparator_shift'.

src/sn_network.c: Add folding markers to all functions.

Merge branch 'ff/libpopulation'

src/sn-evolution.c: Make peers and #threads configurable at runtime.

src/sn_network.c: Fix a bug/typo in the unserialize code.

sn_network.[ch]: Implemented (un)serialize functions.

sn_stage.[ch]: Implemented (un)serialize functions.

sn-evolution: Use the `libpopulation' library instead of `sn_population'.

src/sn_population.c: Removed some debug messages.

Merge branch 'master' of git://git.verplant.org/sort-networks

sn-evolution: Add a SIGTERM handler.

src/sn_population.c: Implemented a brute force minimization for very good solutions.

sn-evolution: Remove a debug message.

sn-evolution: Added a mutation operator.

sn-check-bf: Added a brute-force checker.

It's a lot faster than the Perl version. \o/

sn-apply: Use `sn_stage_sort' rather than the own function.

src/sn_{network,stage}.[ch]: Add a brute force checker.

And the needed actual sorting code.

src/*.c: Define _ISOC99_SOURCE and _POSIX_C_SOURCE in all .c files.

src/Makefile: Updated the `clean' target.

src/sn-evolution.c: Added pthread support for (local) parallelization.

src/sn-apply.c: Add tool to show the progress of the network.

src/*.[ch]: Added GPLv2 license information.

src/Makefile: Added the new programs and dependencies.

src/sn-tex.c: Add a program to format sort networks as tikz source.

src/sn_normalize.c: Add a program to normalize sort networks.

src/sn_network.[ch]: Add `sn_network_normalize'.

This changes all comparators, so that they all point in the same direction.

src/sn_evolution.c: Print the rating of the best solution periodically.

src/sn_population.[ch]: Add `sn_population_best_rating'.

src/sn-evolution.c: Use the sn_random module.

src/sn-evolution.c: Write best network to output file if given.

Makefile: Added the new modules and updated existing ones.

sn-evolution.c: Use the new sn_population object.

sn_population.[ch]: Add the sn_population object.

This object capsulates population handling in a thread-safe manner.

sn_random.[ch]: Add a module for random number handling.

The random number handling should be thread-safe.

sn_stage.[ch]: Add the sn_stage_clone method.

sn_network.[ch]: Add the sn_network_clone method.

sn-evolution: Implemented the use of `getopt'.

src/sn-evolution.c: Free the population before exiting.

Added a `clean' target.

src/sn_network.c: Fixed two memory leaks.

src/sn-evolution.c: Change the default number of iterations to INT_MAX.

src/sn-evolution.c: Added an `olymp'.

This means that every solution is in the population for a garuanteed number of
iterations.

src/sn-evolution.c: Installed a SIGINT handler to shutdown cleanly upon sigint.

The best solution is then written to STDOUT before exiting.

src/sn-evolution.c: Added a first version of evolutionary optimization.

Imported the initial C files that make up a decent sorting network toolkit already.

The files built up to know are:
- sn-cut:   Does a min/max cut on a given input.
- sn-merge: Merges two networks (files) by appending a bitonic merge.
- sn-show:  Pretty-prints a network to stdout.