Merge branch 'master' of git://git.verplant.org/sort-networks

sn-evolution: Add a SIGTERM handler.

src/sn_population.c: Implemented a brute force minimization for very good solutions.

sn-evolution: Remove a debug message.

sn-evolution: Added a mutation operator.

sn-check-bf: Added a brute-force checker.

It's a lot faster than the Perl version. \o/

sn-apply: Use `sn_stage_sort' rather than the own function.

src/sn_{network,stage}.[ch]: Add a brute force checker.

And the needed actual sorting code.

src/*.c: Define _ISOC99_SOURCE and _POSIX_C_SOURCE in all .c files.

src/Makefile: Updated the `clean' target.

src/sn-evolution.c: Added pthread support for (local) parallelization.

src/sn-apply.c: Add tool to show the progress of the network.

src/*.[ch]: Added GPLv2 license information.

src/Makefile: Added the new programs and dependencies.

src/sn-tex.c: Add a program to format sort networks as tikz source.

src/sn_normalize.c: Add a program to normalize sort networks.

src/sn_network.[ch]: Add `sn_network_normalize'.

This changes all comparators, so that they all point in the same direction.

src/sn_evolution.c: Print the rating of the best solution periodically.

src/sn_population.[ch]: Add `sn_population_best_rating'.

src/sn-evolution.c: Use the sn_random module.

src/sn-evolution.c: Write best network to output file if given.

Makefile: Added the new modules and updated existing ones.

sn-evolution.c: Use the new sn_population object.

sn_population.[ch]: Add the sn_population object.

This object capsulates population handling in a thread-safe manner.

sn_random.[ch]: Add a module for random number handling.

The random number handling should be thread-safe.

sn_stage.[ch]: Add the sn_stage_clone method.

sn_network.[ch]: Add the sn_network_clone method.

sn-evolution: Implemented the use of `getopt'.

src/sn-evolution.c: Free the population before exiting.

Added a `clean' target.

src/sn_network.c: Fixed two memory leaks.

src/sn-evolution.c: Change the default number of iterations to INT_MAX.

src/sn-evolution.c: Added an `olymp'.

This means that every solution is in the population for a garuanteed number of
iterations.

src/sn-evolution.c: Installed a SIGINT handler to shutdown cleanly upon sigint.

The best solution is then written to STDOUT before exiting.

src/sn-evolution.c: Added a first version of evolutionary optimization.

Imported the initial C files that make up a decent sorting network toolkit already.

The files built up to know are:
- sn-cut:   Does a min/max cut on a given input.
- sn-merge: Merges two networks (files) by appending a bitonic merge.
- sn-show:  Pretty-prints a network to stdout.