sn-markov: Implement the "-b" option.

When given, uses the bitonic merge.

sn-markov: Implement counting of comparators.

sn-evolution: Add the "-m" option.

sn-evolution: Disable mutation.

sn-evolution-cut: Implement the "-n" and "-r" options.

sn-count-markov: Flush STDOUT for more immediate output when using tee.

src/sn_{network,stage}.[ch]: Implement sn_{network,stage}_show_fh.

src/sn_{network,stage}.[ch]: Implement sn_{network,stage}_compare.

sn-count-markov: Print current network when receiving SIGHUP.

sn-count-markov: Add tool to determine the circle length of random walks.

src/sn_hashtable.[ch]: Implement sn_hashtable_check_collision().

sn-count-cuts: Implement the "-1" (exit after collision) option.

src/sn_hashtable.c: Use a 40-bit hashtable.

sn-count-cuts: Tool to count the number of networks reachable through cuts.

sn_network_get_hashval(): Return a 64bit integer value.

src/sn_hashtable.[ch]: Add module for counting sort networks.

src/sn_{network,stage}.[ch]: Implement sn_network_unify().

src/sn_{network,stage,comparator}.[ch]: Implement sn_network_get_hashval() and friends.

sn-tex-cut: Add tool to visualize cut sequences.

ChangeLog: Update for version 1.0.0.

src/sn-merge.c: Bitonic merge works with all numbers, now, not only powers of two.

README: Updated.

src/sn_network.c: Fix a memory leak in sn_network_create_odd_even_mergesort().

Implement the bitonic sort in src/sn_network.c.

The new implementation can handle input numbers which are not a power of
two. Also sn-bitonicmerge has been added which works analogously to
sn-oddevenmerge.

Rename "sn-pairwise" to "sn-pairwisesort".

Rename "sn-batcher" to "sn-bitonicsort".

README: Add research applications.

src/sn_{comparator,network,random,stage}.[ch]: Change license to LGPLv2.1+.

src/sn_network.[ch]: Implement sn_network_network_add().

src/sn-tex.c: Close comment (typo).

src/sn-tex.c: Make it possible to specify the absolute width of the graphic.

src/sn-svg.c: Fix XML namespace declaration.

Merge remote branch 'origin/master'

Conflicts:
src/sn-svg.c

src/sn-svg.c: Add the -e (embed) option.

src/sn-oddevenmerge.c: Only output a merging network.

See sn-oddevensort for a generator for the odd-even _sorting_ network.

src/sn_comparator.[ch]: Add a user data member.

src/sn-evolution-cut: Use the new cut interface.

configure.ac: Remove libltdl, since it's not used.

src/sn-svg.c: Print the SVG's height and width and a viewBox.

src/sn-markov.c: Add missing include.

src/sn-cut.c: Use the new cut-interface to do all the cuts at once.

This greatly simplifies line numbering when doing multiple cuts.

src/sn_network.[ch]: Implement sn_network_cut().

Using this function it is possible to do multiple cuts at once.

src/sn_stage.c: Add missing variable.

sn-pairwise: Implement the pairwise sorting network.

src/sn-markov.c: Add the "-n" command line option.

Specifying the maximum number of iterations to perform.

sn-oddevensort: Copy of "sn-oddevenmerge".

sn-markov: Add Markov-chain version of sn-evolution.

sn-bb, sn-bb-merge: Add branch and bound algorithms for searching for sort and merge networks.

Request X/Open 7 rather than declaring strdup ourselves.

sn-evolution-merge: Add programm.

Add 32 and 64 line networks found by evolution-cut.

data/32-ec-1277190372.sn: 32-input SN found with evolution-cut.

sn-svg: Add new tool to display sort network as SVG.

src/sn_comparator.h: Add Doxygen documentation.

Merge remote branch 'origin/master'

src/sn_network.h: Print "NULL" in a monospace font.

src/sn_stage.c: Check arguments in some of the methods.

src/sn_stage.h: Completed Doxygen documentation.

data/13i-10s-45c-[01].sn: Document the origin in a comment field.

Added two more efficient 14- and 15-input sorting networks.

Both created from data/16i-10s-60c-0.sn by sn-evolution-cut.

data/15i-56c-10s-0.sn: Add most-efficient 15-input sorting network.

Found by the sn-evolution-cut algorithm. It is as efficient as the best known
15-input sorting network.

data/14i-10s-51c-0.sn: Add most-efficient 14-input sorting network.

Found by the sn-evolution-cut algorithm. It is as efficient as the best
known 14-input sorting network.

Added 16-input sorting network found by the END algorithm.

src/sn_stage.h: Begin adding Doxygen documentation.

src/sn_stage.c: Added some parameter checks.

src/sn_network.h: Add missing documentation.

src/sn_network.h: All methods are documented now.

src/sn_stage.c: Fix comparison of signed and unsigned integers.

src/sn_{comparator,stage}.h: Add initial Doxygen stuff.

src/sn_network.[ch]: Rename the bitonic combine method.

The sn-merge utility has been improved to accept the "-b" option and
use the bitonic variant if supplied.

src/sn_network.h: Some more Doxygen documentation.

src/sn_network.h: Add Doxygen documentation for some functions.

sn-evolution-cut: Print details to the found individual.

Global: collectd → libsortnetwork

Added the best known networks for 9 and 10 inputs.

Added the best known networks for 13 and 16 inputs.

README: Document "sn-info".

sn-info: Add tool for displaying information about a network in human readable form.

sn-evolution2: Build this algorithm too when libpopulation is available.

sn-evolution-cut: Add new evolutionary algorithm for optimizing cuts through networks.

sn-evolution: Mark appropriate arguments as unused.

src/Makefile.am: Build the "sn-evolution" application if libpopulation is available.

configure.ac: Link with "pthread" if no libs are given explicitly.

sn-cut: Include "config.h".

configure.ac: Added check for libpopulation.

src/sn_network.c: Fix comparison between signed and unsigned.

sn-apply: Include "config.h".

sn-normalize: Include "config.h".

sn-show: Make it possible to display more than one network at once.

configure.ac: Define wanted C and POSIX versions.

README: Added some information about the utility programs.

Update copyright date and email address.

src/Makefile.am: Added more binaries to the Makefile.

Added empty README file.

Initial autotoolization.

pop_stats: Add module for population statistics.

Actually more offspring statistics, though.

src/sn-evolution2.c: Add `weights' for `total', `fails' and `stages'.

src/sn-evolution2.c: Clean up the mutation probability a bit.

src/sn-evolution2.c: Implement the -I option.

It loads a pre-generated network and uses it as initial population.

src/sn-shmoo.c: Add a generator for shmoo charts.