sn-tex: Added flip option (-f) to sn-tex

Signed-off-by: Florian Forster <octo@verplant.org>

Bump version to 1.1.0; Update ChangeLog.

src/sn-merge.c: Removed unused function.

src/sn-apply.c: Remove unused include.

src/sn_random.[ch]: Be more random.

A couple of experiments actually ran into limitations due to the limit
of the PRNG.

src/sn_network.c: Fix the Pairwise Sorting network for arbitrary n.

Powers of two worked fine before. With this change the function generates
valid sorting networks for arbitrary number of lines.

For arbitrary n, PS(n) is not as efficient nor as fast as OES(n).

sn-transpositionsort: New tool.

src/sn_network.c: sn_network_network_add(): Renumber stages.

sn-markov: Implement the "-b" option.

When given, uses the bitonic merge.

sn-markov: Implement counting of comparators.

sn-evolution: Add the "-m" option.

sn-evolution: Disable mutation.

sn-evolution-cut: Implement the "-n" and "-r" options.

sn-count-markov: Flush STDOUT for more immediate output when using tee.

src/sn_{network,stage}.[ch]: Implement sn_{network,stage}_show_fh.

src/sn_{network,stage}.[ch]: Implement sn_{network,stage}_compare.

sn-count-markov: Print current network when receiving SIGHUP.

sn-count-markov: Add tool to determine the circle length of random walks.

src/sn_hashtable.[ch]: Implement sn_hashtable_check_collision().

sn-count-cuts: Implement the "-1" (exit after collision) option.

src/sn_hashtable.c: Use a 40-bit hashtable.

sn-count-cuts: Tool to count the number of networks reachable through cuts.

sn_network_get_hashval(): Return a 64bit integer value.

src/sn_hashtable.[ch]: Add module for counting sort networks.

src/sn_{network,stage}.[ch]: Implement sn_network_unify().

src/sn_{network,stage,comparator}.[ch]: Implement sn_network_get_hashval() and friends.

sn-tex-cut: Add tool to visualize cut sequences.

ChangeLog: Update for version 1.0.0.

src/sn-merge.c: Bitonic merge works with all numbers, now, not only powers of two.

README: Updated.

src/sn_network.c: Fix a memory leak in sn_network_create_odd_even_mergesort().

Implement the bitonic sort in src/sn_network.c.

The new implementation can handle input numbers which are not a power of
two. Also sn-bitonicmerge has been added which works analogously to
sn-oddevenmerge.

Rename "sn-pairwise" to "sn-pairwisesort".

Rename "sn-batcher" to "sn-bitonicsort".

README: Add research applications.

src/sn_{comparator,network,random,stage}.[ch]: Change license to LGPLv2.1+.

src/sn_network.[ch]: Implement sn_network_network_add().

src/sn-tex.c: Close comment (typo).

src/sn-tex.c: Make it possible to specify the absolute width of the graphic.

src/sn-svg.c: Fix XML namespace declaration.

Merge remote branch 'origin/master'

Conflicts:
src/sn-svg.c

src/sn-svg.c: Add the -e (embed) option.

src/sn-oddevenmerge.c: Only output a merging network.

See sn-oddevensort for a generator for the odd-even _sorting_ network.

src/sn_comparator.[ch]: Add a user data member.

src/sn-evolution-cut: Use the new cut interface.

configure.ac: Remove libltdl, since it's not used.

src/sn-svg.c: Print the SVG's height and width and a viewBox.

src/sn-markov.c: Add missing include.

src/sn-cut.c: Use the new cut-interface to do all the cuts at once.

This greatly simplifies line numbering when doing multiple cuts.

src/sn_network.[ch]: Implement sn_network_cut().

Using this function it is possible to do multiple cuts at once.

src/sn_stage.c: Add missing variable.

sn-pairwise: Implement the pairwise sorting network.

src/sn-markov.c: Add the "-n" command line option.

Specifying the maximum number of iterations to perform.

sn-oddevensort: Copy of "sn-oddevenmerge".

sn-markov: Add Markov-chain version of sn-evolution.

sn-bb, sn-bb-merge: Add branch and bound algorithms for searching for sort and merge networks.

Request X/Open 7 rather than declaring strdup ourselves.

sn-evolution-merge: Add programm.

Add 32 and 64 line networks found by evolution-cut.

data/32-ec-1277190372.sn: 32-input SN found with evolution-cut.

sn-svg: Add new tool to display sort network as SVG.

src/sn_comparator.h: Add Doxygen documentation.

Merge remote branch 'origin/master'

src/sn_network.h: Print "NULL" in a monospace font.

src/sn_stage.c: Check arguments in some of the methods.

src/sn_stage.h: Completed Doxygen documentation.

data/13i-10s-45c-[01].sn: Document the origin in a comment field.

Added two more efficient 14- and 15-input sorting networks.

Both created from data/16i-10s-60c-0.sn by sn-evolution-cut.

data/15i-56c-10s-0.sn: Add most-efficient 15-input sorting network.

Found by the sn-evolution-cut algorithm. It is as efficient as the best known
15-input sorting network.

data/14i-10s-51c-0.sn: Add most-efficient 14-input sorting network.

Found by the sn-evolution-cut algorithm. It is as efficient as the best
known 14-input sorting network.

Added 16-input sorting network found by the END algorithm.

src/sn_stage.h: Begin adding Doxygen documentation.

src/sn_stage.c: Added some parameter checks.

src/sn_network.h: Add missing documentation.

src/sn_network.h: All methods are documented now.

src/sn_stage.c: Fix comparison of signed and unsigned integers.

src/sn_{comparator,stage}.h: Add initial Doxygen stuff.

src/sn_network.[ch]: Rename the bitonic combine method.

The sn-merge utility has been improved to accept the "-b" option and
use the bitonic variant if supplied.

src/sn_network.h: Some more Doxygen documentation.

src/sn_network.h: Add Doxygen documentation for some functions.

sn-evolution-cut: Print details to the found individual.

Global: collectd → libsortnetwork

Added the best known networks for 9 and 10 inputs.

Added the best known networks for 13 and 16 inputs.

README: Document "sn-info".

sn-info: Add tool for displaying information about a network in human readable form.

sn-evolution2: Build this algorithm too when libpopulation is available.

sn-evolution-cut: Add new evolutionary algorithm for optimizing cuts through networks.

sn-evolution: Mark appropriate arguments as unused.

src/Makefile.am: Build the "sn-evolution" application if libpopulation is available.

configure.ac: Link with "pthread" if no libs are given explicitly.

sn-cut: Include "config.h".

configure.ac: Added check for libpopulation.

src/sn_network.c: Fix comparison between signed and unsigned.

sn-apply: Include "config.h".

sn-normalize: Include "config.h".

sn-show: Make it possible to display more than one network at once.

configure.ac: Define wanted C and POSIX versions.

README: Added some information about the utility programs.

Update copyright date and email address.