Merge branch 'js/fmt-patch' into next

* js/fmt-patch:
  git-rebase: use canonical A..B syntax to format-patch

git-rebase: use canonical A..B syntax to format-patch

Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'js/fmt-patch' into next

* js/fmt-patch:
  git-format-patch: now built-in.
  fmt-patch: Support --attach
  diff family: add --check option
  Document that "git add" only adds non-ignored files.

git-format-patch: now built-in.

Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

fmt-patch: Support --attach

This patch touches a couple of files, because it adds options to print a
custom text just after the subject of a commit, and just after the
diffstat.

[jc: made "many dashes" used as the boundary leader into a single
 variable, to reduce the possibility of later tweaks to miscount the
 number of dashes to break it.]

Signed-off-by: Johannes Schindelin <Johannes.Schindelin@gmx.de>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'master' into js/fmt-patch

* master: (119 commits)
  diff family: add --check option
  Document that "git add" only adds non-ignored files.
  Add a conversion tool to migrate remote information into the config
  fetch, pull: ask config for remote information
  Fix build procedure for builtin-init-db
  read-tree -m -u: do not overwrite or remove untracked working tree files.
  apply --cached: do not check newly added file in the working tree
  Implement a --dry-run option to git-quiltimport
  Implement git-quiltimport
  Revert "builtin-grep: workaround for non GNU grep."
  builtin-grep: workaround for non GNU grep.
  builtin-grep: workaround for non GNU grep.
  git-am: use apply --cached
  apply --cached: apply a patch without using working tree.
  apply --numstat: show new name, not old name.
  Documentation/Makefile: create tarballs for the man pages and html files
  Allow pickaxe and diff-filter options to be used by git log.
  Libify the index refresh logic
  Builtin git-init-db
  Remove unnecessary local in get_ref_sha1.
  ...

diff family: add --check option

Actually, it is a diff option now, so you can say

git diff --check

to ask if what you are about to commit is a good patch.

[jc: this also would work for fmt-patch, but the point is that
 the check is done before making a commit.  format-patch is run
 from an already created commit, and that is too late to catch
 whitespace damaged change.]

Signed-off-by: Johannes Schindelin <Johannes.Schindelin@gmx.de>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Document that "git add" only adds non-ignored files.

Signed-off-by: Santi Béjar <sbejar@gmail.com>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'jc/dirwalk-n-cache-tree' into next

* jc/dirwalk-n-cache-tree:

Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'lt/dirwalk' into jc/dirwalk-n-cache-tree

This commit is what this branch is all about.  It records the
evil merge needed to adjust built-in git-add and git-rm for
the cache-tree extension.

* lt/dirwalk:
  Add builtin "git rm" command
  Move pathspec matching from builtin-add.c into dir.c
  Prevent bogus paths from being added to the index.
  builtin-add: fix unmatched pathspec warnings.
  Remove old "git-add.sh" remnants
  builtin-add: warn on unmatched pathspecs
  Do "git add" as a builtin
  Clean up git-ls-file directory walking library interface
  libify git-ls-files directory traversal

Conflicts:

Makefile
builtin.h
git.c
update-index.c

Merge branch 'jc/cache-tree' into jc/dirwalk-n-cache-tree

* jc/cache-tree: (24 commits)
  Fix crash when reading the empty tree
  fsck-objects: do not segfault on missing tree in cache-tree
  cache-tree: a bit more debugging support.
  read-tree: invalidate cache-tree entry when a new index entry is added.
  Fix test-dump-cache-tree in one-tree disappeared case.
  fsck-objects: mark objects reachable from cache-tree
  cache-tree: replace a sscanf() by two strtol() calls
  cache-tree.c: typefix
  test-dump-cache-tree: validate the cached data as well.
  cache_tree_update: give an option to update cache-tree only.
  read-tree: teach 1-way merege and plain read to prime cache-tree.
  read-tree: teach 1 and 2 way merges about cache-tree.
  update-index: when --unresolve, smudge the relevant cache-tree entries.
  test-dump-cache-tree: report number of subtrees.
  cache-tree: sort the subtree entries.
  Teach fsck-objects about cache-tree.
  index: make the index file format extensible.
  cache-tree: protect against "git prune".
  Add test-dump-cache-tree
  Use cache-tree in update-index.
  ...

Merge branch 'jc/tartree' into next

* jc/tartree:
  built-in tar-tree and remote tar-tree

Merge branch 'master' into next

* master:
  Fix build procedure for builtin-init-db
  Allow pickaxe and diff-filter options to be used by git log.
  Libify the index refresh logic
  Builtin git-init-db

built-in tar-tree and remote tar-tree

This makes tar-tree a built-in.  As an added bonus, you can now
say:

git tar-tree --remote=remote-repository <ent> [<base>]

This does not work with git-daemon yet, but should work with
localhost and git over ssh transports.

Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'js/fetchconfig'

* js/fetchconfig:
  Add a conversion tool to migrate remote information into the config
  fetch, pull: ask config for remote information

Merge branch 'lt/dirwalk' into next

* lt/dirwalk:
  Add builtin "git rm" command
  Move pathspec matching from builtin-add.c into dir.c

Add builtin "git rm" command

This changes semantics very subtly, because it adds a new atomicity
guarantee.

In particular, if you "git rm" several files, it will now do all or
nothing. The old shell-script really looped over the removed files one by
one, and would basically randomly fail in the middle if "-f" was used and
one of the files didn't exist in the working directory.

This C builtin one will not re-write the index after each remove, but
instead remove all files at once. However, that means that if "-f" is used
(to also force removal of the file from the working directory), and some
files have already been removed from the workspace, it won't stop in the
middle in some half-way state like the old one did.

So what happens is that if the _first_ file fails to be removed with "-f",
we abort the whole "git rm". But once we've started removing, we don't
leave anything half done. If some of the other files don't exist, we'll
just ignore errors of removal from the working tree.

This is only an issue with "-f", of course.

I think the new behaviour is strictly an improvement, but perhaps more
importantly, it is _different_. As a special case, the semantics are
identical for the single-file case (which is the only one our test-suite
seems to test).

The other question is what to do with leading directories. The old "git
rm" script didn't do anything, which is somewhat inconsistent. This one
will actually clean up directories that have become empty as a result of
removing the last file, but maybe we want to have a flag to decide the
behaviour?

Signed-off-by: Linus Torvalds <torvalds@osdl.org>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Fix build procedure for builtin-init-db

c3c8835fbb182d971d71939b9a3ec7c8b86d6caf broke the default template
location which is in builtin-init-db.o, by not supplying the
compilation-time constant to the right build commands.

Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'jc/read-tree-safety'

* jc/read-tree-safety:
  read-tree -m -u: do not overwrite or remove untracked working tree files.

Merge branch 'jc/apply'

* jc/apply:
  apply --cached: do not check newly added file in the working tree

Merge branch 'eb/quilt'

* eb/quilt:
  Implement a --dry-run option to git-quiltimport
  Implement git-quiltimport

Merge branch 'jc/grep'

* jc/grep:
  Revert "builtin-grep: workaround for non GNU grep."
  builtin-grep: workaround for non GNU grep.

Merge branch 'lt/grep'

* lt/grep:
  builtin-grep: workaround for non GNU grep.
  git-am: use apply --cached
  apply --cached: apply a patch without using working tree.
  apply --numstat: show new name, not old name.

Merge branch 'ts/doctar'

* ts/doctar:
  Documentation/Makefile: create tarballs for the man pages and html files

Allow pickaxe and diff-filter options to be used by git log.

Handle the -S option when passed to git log such that only the
appropriate commits are displayed.  Also per Junio's comments, do
the same for "--diff-filter", so that it too can be used as an option
to git log.  By default no patch or diff information is displayed.

Signed-off-by: Sean Estabrooks <seanlkml@sympatico.ca>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Move pathspec matching from builtin-add.c into dir.c

I'll use it for builtin-rm.c too.

Signed-off-by: Linus Torvalds <torvalds@osdl.org>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Libify the index refresh logic

This cleans up and libifies the "git update-index --[really-]refresh"
functionality. This will be eventually required for eventually doing the
"commit" and "status" commands as built-ins.

It really just moves "refresh_index()" from update-index.c to
read-cache.c, but it also has to change the calling convention so that the
function uses a "unsigned int flags" argument instead of various static
flags variables for passing down the information about whether to be quiet
or not, and allow unmerged entries etc.

That actually cleans up update-index.c too, since it turns out that all
those flags were really specific to that one function of the index update,
so they shouldn't have had file-scope visibility even before.

Signed-off-by: Linus Torvalds <torvalds@osdl.org>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Builtin git-init-db

Basically this just renames init-db.c to builtin-init-db.c and makes
some strings const.

Signed-off-by: Timo Hirvonen <tihirvon@gmail.com>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge early part of 'sp/reflog' branch

Merge branch 'eb/quilt' into next

* eb/quilt:
  Implement a --dry-run option to git-quiltimport
  Implement git-quiltimport

Implement a --dry-run option to git-quiltimport

Since large quilt trees like -mm can easily have patches
without clear authorship information, add a --dry-run
option to make the problem patches easy to find.

Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Implement git-quiltimport

Importing a quilt patch series into git is not very difficult
but parsing the patch descriptions and all of the other
minutia take a bit of effort to get right, so this automates it.

Since git and quilt complement each other it makes sense
to make it easy to go back and forth between the two.

If a patch is encountered that it cannot derive the author
from the user is asked.

Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'ts/doctar' into next

* ts/doctar:
  Documentation/Makefile: create tarballs for the man pages and html files
  SubmittingPatches: The download location of External Editor has moved
  Make git-check-format-ref a builtin.
  Make "git rev-list" be a builtin
  builtin-diff: do not say files are renamed when blob and file are given
  Provide a way to flush git-diff-tree's output

Merge branch 'lt/dirwalk' into next

* lt/dirwalk:
  Prevent bogus paths from being added to the index.

Documentation/Makefile: create tarballs for the man pages and html files

[jc: rewrote by stealing from what I run to update html and
 man branches automatically]

Signed-off-by: Tilman Sauerbeck <tilman@code-monkey.de>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

SubmittingPatches: The download location of External Editor has moved

Signed-off-by: Lukas Sandström <lukass@etek.chalmers.se>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Make git-check-format-ref a builtin.

Signed-off-by: Lukas Sandström <lukass@etek.chalmers.se>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Make "git rev-list" be a builtin

This was surprisingly easy. The diff is truly minimal: rename "main()" to
"cmd_rev_list()" in rev-list.c, and rename the whole file to reflect its
new built-in status.

Signed-off-by: Linus Torvalds <torvalds@osdl.org>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

builtin-diff: do not say files are renamed when blob and file are given

Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Prevent bogus paths from being added to the index.

With this one, it's now a fatal error to try to add a pathname
that cannot be added with "git add", i.e.

[torvalds@g5 git]$ git add .git/config
fatal: unable to add .git/config to index

and

[torvalds@g5 git]$ git add foo/../bar
fatal: unable to add foo/../bar to index

instead of the old "Ignoring path xyz" warning that would end up
silently succeeding on any other paths.

Signed-off-by: Linus Torvalds <torvalds@osdl.org>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'lt/dirwalk' into next

* lt/dirwalk:
  builtin-add: fix unmatched pathspec warnings.

builtin-add: fix unmatched pathspec warnings.

"git add Documentation/" when Documentation directory exists
does not barf (as it should not), but "git add ." barfed when it
did not add anything.  This was because we checked for the path
prefix ("Documentation/" in the former case, and an empty string
in the latter case) for existence, and lstat("", &st) would say
"Huh?".

Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Provide a way to flush git-diff-tree's output

Gitk wants to use git-diff-tree as a filter to tell it which ids from
a given list affect a set of files or directories.  We don't want to
fork and exec a new git-diff-tree process for each batch of ids, since
there could be a lot of relatively small batches.  For example, a
batch could contain as many ids as fit in gitk's headline display
window, i.e. 20 or so, and we would be processing a new batch every
time the user scrolls that window.

The --stdin flag to git-diff-tree is suitable for this, but the main
difficulty is that the output of git-diff-tree gets buffered and
doesn't get sent until the buffer is full.

This provides a way to get git-diff-tree to flush its output buffers.
If a blank line is supplied on git-diff-tree's standard input, it will
flush its output buffers and then accept further input.

Signed-off-by: Paul Mackerras <paulus@samba.org>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'master' into next

* master:
  git-cvsimport: Handle "Removed" from pserver

Merge branch 'maint'

* maint:
  git-cvsimport: Handle "Removed" from pserver

git-cvsimport: Handle "Removed" from pserver

Sometimes the pserver says "Removed" instead of "Remove-entry".

Signed-off-by: Elrond <elrond+kernel.org@samba-tng.org>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'lt/dirwalk' into next

* lt/dirwalk:
  Remove old "git-add.sh" remnants

Remove old "git-add.sh" remnants

Repeat after me: "It's now a built-in"

Signed-off-by: Linus Torvalds <torvalds@osdl.org>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'sp/reflog' into next

* sp/reflog:
  Remove unnecessary local in get_ref_sha1.

Remove unnecessary local in get_ref_sha1.

Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'jc/apply' into next

* jc/apply:
  apply --cached: do not check newly added file in the working tree

apply --cached: do not check newly added file in the working tree

The --cached mode does not deal with the working tree, so we
should not check it with lstat.  An earlier code omitted the
call to lstat but forgot to omit the check for the errno.

Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'jc/read-tree-safety' into next

* jc/read-tree-safety:
  read-tree -m -u: do not overwrite or remove untracked working tree files.

Merge branch 'lt/grep' into next

* lt/grep:
  builtin-grep: workaround for non GNU grep.

Merge branch 'jc/grep' into next

* jc/grep:
  Revert "builtin-grep: workaround for non GNU grep."

builtin-grep: workaround for non GNU grep.

Of course, it still ignores the fact that not all grep's support some of
the flags like -F/-L/-A/-C etc, but for those cases, the external grep
itself will happily just say "unrecognized option -F" or similar.

So with this change, "git grep" should handle all the flags the native
grep handles, which is really quite fine. We don't _need_ to expose
anything more, and if you do want our extensions, you can get them with
"--uncached" and an up-to-date index.

No configuration necessary, and we automatically take advantage of any
native grep we have, if possible.

Signed-off-by: Linus Torvalds <torvalds@osdl.org>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'ew/pretty-fmt'

* ew/pretty-fmt:
  commit: allow --pretty= args to be abbreviated

Merge branch 'jc/apply'

* jc/apply:
  git-am: use apply --cached
  apply --cached: apply a patch without using working tree.
  apply --numstat: show new name, not old name.

Merge branch 'lt/dirwalk' into next

* lt/dirwalk:
  builtin-add: warn on unmatched pathspecs
  Do "git add" as a builtin
  Clean up git-ls-file directory walking library interface
  libify git-ls-files directory traversal

Not a conflict, but builtin-add needed to be adjusted to properly
invalidate the cache_tree entry.

builtin-add: warn on unmatched pathspecs

This is in the same spirit as what bba319b5 and 45e48120 tried
to do to help users.  A command such as "git add Documentaiton"
with misspelled pathspecs would give a friendly reminder with
this.

Signed-off-by: Linus Torvalds <torvalds@osdl.org>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Do "git add" as a builtin

First try. Let's see how well this works.

In many ways, the hard parts of "git commit" are not so different from
this, and a builtin commit would share a lot of the code, I think.

Signed-off-by: Linus Torvalds <torvalds@osdl.org>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Revert "builtin-grep: workaround for non GNU grep."

This reverts 518920b764ee9150781e68217181b24d0712748e commit.
Linus has a more portable alternative.

Merge branch 'jc/gitlink' into next

* jc/gitlink:
  read-tree: reorganize bind_merge code.

read-tree: reorganize bind_merge code.

This does not change the logic but moves the order of checks
around so that merging of read-tree safety code would become
easier.

Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'ew/pretty-fmt' into next

* ew/pretty-fmt:
  commit: allow --pretty= args to be abbreviated

Conflicts:

commit.c - adjust to --pretty=email

Merge branch 'jc/grep' into next

* jc/grep:
  builtin-grep: workaround for non GNU grep.

commit: allow --pretty= args to be abbreviated

Signed-off-by: Eric Wong <normalperson@yhbt.net>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

builtin-grep: workaround for non GNU grep.

Some implementations do not know what to do with -H; define
NO_H_OPTION_IN_GREP when you build git if your grep lacks -H.

Most of the time, it can be worked around by prepending
/dev/null to the argument list, but that causes -L and -c to
slightly misbehave (they both expose /dev/null is given), so
when these options are given, do not run external grep that does
not understand -H.

Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Clean up git-ls-file directory walking library interface

This moves the code to add the per-directory ignore files for the base
directory into the library routine.

That not only allows us to turn the function push_exclude_per_directory()
static again, it also simplifies the library interface a lot (the caller
no longer needs to worry about any of the per-directory exclude files at
all).

Signed-off-by: Linus Torvalds <torvalds@osdl.org>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

libify git-ls-files directory traversal

This moves the core directory traversal and filename exclusion logic
into the general git library, making it available for other users
directly.

If we ever want to do "git commit" or "git add" as a built-in (and we
do), we want to be able to handle most of git-ls-files as a library.

NOTE! Not all of git-ls-files is libified by this.  The index matching
and pathspec prefix calculation is still in ls-files.c, but this is a
big part of it.

Signed-off-by: Linus Torvalds <torvalds@osdl.org>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

read-tree -m -u: do not overwrite or remove untracked working tree files.

When a merge results in a creation of a path that did not exist
in HEAD, and if you already have that path on the working tree,
because the index has not been told about the working tree file,
read-tree happily removes it.  The issue was brought up by Santi
Béjar on the list.

Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'master' into next

* master:
  Remove old "git-grep.sh" remnants
  merge-base: Clarify the comments on post processing.
  Update the documentation for git-merge-base

Remove old "git-grep.sh" remnants

It's built-in now.

Signed-off-by: Linus Torvalds <torvalds@osdl.org>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'maint'

* maint:
  merge-base: Clarify the comments on post processing.
  Update the documentation for git-merge-base

Merge branch 'np/pack'

* np/pack:
  improve depth heuristic for maximum delta size
  pack-object: slightly more efficient
  simple euristic for further free packing improvements

merge-base: Clarify the comments on post processing.

The comment fooled myself believing that we still had an
unsolved horizon effect.

Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'np/pack' into next

* np/pack:
  improve depth heuristic for maximum delta size

improve depth heuristic for maximum delta size

This provides a linear decrement on the penalty related to delta depth
instead of being an 1/x function.  With this another 5% reduction is
observed on packs for both the GIT repo and the Linux kernel repo, as
well as fixing a pack size regression in another sample repo I have.

Signed-off-by: Nicolas Pitre <nico@cam.org>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'se/tag'

* se/tag:
  Strip useless "tags/" prefix from git-tag -l output

Merge branch 'se/rev-parse'

* se/rev-parse:
  Add "--branches", "--tags" and "--remotes" options to git-rev-parse.

Merge branch 'se/diff'

* se/diff:
  Convert some "apply --summary" users to "diff --summary".
  Add "--summary" option to git diff.

Merge branch 'se/rebase'

* se/rebase:
  Make git rebase interactive help match documentation.

Update the documentation for git-merge-base

Signed-off-by: Fredrik Kuivinen <freku045@student.liu.se>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'jc/diff' into next

* jc/diff:
  builtin-diff: fix comparison between two blobs.

builtin-diff: fix comparison between two blobs.

The code forgot that setup_revisions() leaves parsed object
names in reverse in the list.

Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'master' into next

* master:
  Fix silly typo in new builtin grep
  Fix pack-index issue on 64-bit platforms a bit more portably.
  Install git-send-email by default
  Fix compilation on newer NetBSD systems

Merge branch 'lt/oneway'

* lt/oneway:
  read-tree --reset -u fix.
  read-tree -u one-way merge fix to check out locally modified paths.
  Simplify "git reset --hard"
  Allow one-way tree merge to remove old files

Merge branch 'ew/send-email'

* ew/send-email:
  send-email: quiet some warnings, reject invalid addresses
  send-email: allow sendmail binary to be used instead of SMTP

Merge branch 'lt/config'

* lt/config:

Merge branch 'jc/grep'

* jc/grep: (22 commits)
  Fix silly typo in new builtin grep
  builtin-grep: unparse more command line options.
  builtin-grep: use external grep when we can take advantage of it
  builtin-grep: -F (--fixed-strings)
  builtin-grep: -w fix
  builtin-grep: typofix
  builtin-grep: tighten argument parsing.
  builtin-grep: documentation
  Teach -f <file> option to builtin-grep.
  builtin-grep: -L (--files-without-match).
  builtin-grep: binary files -a and -I
  builtin-grep: terminate correctly at EOF
  builtin-grep: tighten path wildcard vs tree traversal.
  builtin-grep: support -w (--word-regexp).
  builtin-grep: support -c (--count).
  builtin-grep: allow more than one patterns.
  builtin-grep: allow -<n> and -[ABC]<n> notation for context lines.
  builtin-grep: printf %.*s length is int, not ptrdiff_t.
  builtin-grep: do not use setup_revisions()
  builtin-grep: support '-l' option.
  ...

Merge branch 'lt/diff'

* lt/diff:
  git diff: support "-U" and "--unified" options properly

Fix silly typo in new builtin grep

The "-F" flag apparently got mis-translated due to some over-eager
copy-paste work into a duplicate "-H" when using the external grep.

Signed-off-by: Linus Torvalds <torvalds@osdl.org>
Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'jc/apply' into next

* jc/apply:
  git-am: use apply --cached
  apply --cached: apply a patch without using working tree.

git-am: use apply --cached

Now 'git apply' can apply patch without working tree, preparation
of pristine preimage and postimage trees that are done when falling
back on 3-way merge by "git am" can do so without temporary files.

Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

apply --cached: apply a patch without using working tree.

A new flag "--cached" takes the cached data, applies the patch
and stores the result in the index, without using the working
tree.

Signed-off-by: Junio C Hamano <junkio@cox.net>

Merge branch 'jc/grep' into next

* jc/grep:
  builtin-grep: unparse more command line options.

Merge branch 'ew/send-email' into next

* ew/send-email:
  send-email: quiet some warnings, reject invalid addresses
  send-email: allow sendmail binary to be used instead of SMTP

Merge branch 'np/pack' into next

* np/pack:
  pack-object: slightly more efficient
  simple euristic for further free packing improvements

Merge branch 'lt/oneway' into next

* lt/oneway:
  read-tree --reset -u fix.

Merge branch 'fix'

* fix:
  Fix pack-index issue on 64-bit platforms a bit more portably.
  Install git-send-email by default
  Fix compilation on newer NetBSD systems
  git config syntax updates
  Another config file parsing fix.
  checkout: use --aggressive when running a 3-way merge (-m).