src/sn_network.c: Fix a memory leak in sn_network_create_odd_even_mergesort().

Implement the bitonic sort in src/sn_network.c.

The new implementation can handle input numbers which are not a power of
two. Also sn-bitonicmerge has been added which works analogously to
sn-oddevenmerge.

Rename "sn-pairwise" to "sn-pairwisesort".

Rename "sn-batcher" to "sn-bitonicsort".

README: Add research applications.

src/sn_{comparator,network,random,stage}.[ch]: Change license to LGPLv2.1+.

src/sn_network.[ch]: Implement sn_network_network_add().

src/sn-tex.c: Close comment (typo).

src/sn-tex.c: Make it possible to specify the absolute width of the graphic.

src/sn-svg.c: Fix XML namespace declaration.

Merge remote branch 'origin/master'

Conflicts:
src/sn-svg.c

src/sn-svg.c: Add the -e (embed) option.

src/sn-oddevenmerge.c: Only output a merging network.

See sn-oddevensort for a generator for the odd-even _sorting_ network.

src/sn_comparator.[ch]: Add a user data member.

src/sn-evolution-cut: Use the new cut interface.

configure.ac: Remove libltdl, since it's not used.

src/sn-svg.c: Print the SVG's height and width and a viewBox.

src/sn-markov.c: Add missing include.

src/sn-cut.c: Use the new cut-interface to do all the cuts at once.

This greatly simplifies line numbering when doing multiple cuts.

src/sn_network.[ch]: Implement sn_network_cut().

Using this function it is possible to do multiple cuts at once.

src/sn_stage.c: Add missing variable.

sn-pairwise: Implement the pairwise sorting network.

src/sn-markov.c: Add the "-n" command line option.

Specifying the maximum number of iterations to perform.

sn-oddevensort: Copy of "sn-oddevenmerge".

sn-markov: Add Markov-chain version of sn-evolution.

sn-bb, sn-bb-merge: Add branch and bound algorithms for searching for sort and merge networks.

Request X/Open 7 rather than declaring strdup ourselves.

sn-evolution-merge: Add programm.

Add 32 and 64 line networks found by evolution-cut.

data/32-ec-1277190372.sn: 32-input SN found with evolution-cut.

sn-svg: Add new tool to display sort network as SVG.

src/sn_comparator.h: Add Doxygen documentation.

Merge remote branch 'origin/master'

src/sn_network.h: Print "NULL" in a monospace font.

src/sn_stage.c: Check arguments in some of the methods.

src/sn_stage.h: Completed Doxygen documentation.

data/13i-10s-45c-[01].sn: Document the origin in a comment field.

Added two more efficient 14- and 15-input sorting networks.

Both created from data/16i-10s-60c-0.sn by sn-evolution-cut.

data/15i-56c-10s-0.sn: Add most-efficient 15-input sorting network.

Found by the sn-evolution-cut algorithm. It is as efficient as the best known
15-input sorting network.

data/14i-10s-51c-0.sn: Add most-efficient 14-input sorting network.

Found by the sn-evolution-cut algorithm. It is as efficient as the best
known 14-input sorting network.

Added 16-input sorting network found by the END algorithm.

src/sn_stage.h: Begin adding Doxygen documentation.

src/sn_stage.c: Added some parameter checks.

src/sn_network.h: Add missing documentation.

src/sn_network.h: All methods are documented now.

src/sn_stage.c: Fix comparison of signed and unsigned integers.

src/sn_{comparator,stage}.h: Add initial Doxygen stuff.

src/sn_network.[ch]: Rename the bitonic combine method.

The sn-merge utility has been improved to accept the "-b" option and
use the bitonic variant if supplied.

src/sn_network.h: Some more Doxygen documentation.

src/sn_network.h: Add Doxygen documentation for some functions.

sn-evolution-cut: Print details to the found individual.

Global: collectd → libsortnetwork

Added the best known networks for 9 and 10 inputs.

Added the best known networks for 13 and 16 inputs.

README: Document "sn-info".

sn-info: Add tool for displaying information about a network in human readable form.

sn-evolution2: Build this algorithm too when libpopulation is available.

sn-evolution-cut: Add new evolutionary algorithm for optimizing cuts through networks.

sn-evolution: Mark appropriate arguments as unused.

src/Makefile.am: Build the "sn-evolution" application if libpopulation is available.

configure.ac: Link with "pthread" if no libs are given explicitly.

sn-cut: Include "config.h".

configure.ac: Added check for libpopulation.

src/sn_network.c: Fix comparison between signed and unsigned.

sn-apply: Include "config.h".

sn-normalize: Include "config.h".

sn-show: Make it possible to display more than one network at once.

configure.ac: Define wanted C and POSIX versions.

README: Added some information about the utility programs.

Update copyright date and email address.

src/Makefile.am: Added more binaries to the Makefile.

Added empty README file.

Initial autotoolization.

pop_stats: Add module for population statistics.

Actually more offspring statistics, though.

src/sn-evolution2.c: Add `weights' for `total', `fails' and `stages'.

src/sn-evolution2.c: Clean up the mutation probability a bit.

src/sn-evolution2.c: Implement the -I option.

It loads a pre-generated network and uses it as initial population.

src/sn-shmoo.c: Add a generator for shmoo charts.

src/sn-batcher.c: Add program to create batcher mergesort networks.

src/sn-evolution2.c: Calculate mutation probability at runtime.

src/sn-evolution2.c: Make mutations more likely.

src/sn-evolution2: Added a true random evolutionary algorithm.

src/sn_network.c: Replace all tabs with spaces.

src/sn_network.c: Fix a bug in sn_network_normalize.

src/sn-oddevenmerge.c: Create a OEM-network.

The OEM code in sn_network.c has been improved to handle networks with
numbers of inputs that are *not* a power of two.

src/sn-evolution.c: Don't mutate large networks.

The required brute-force checking can only be done for small (e. g. 16
inputs) networks.

src/sn-evolution.c: Make the output a bit nicer.

src/sn_network.c: Implement shifting when using the bitonic merge.

Before adding the bitonic merger to a concatenated network, shift it by
a random amount of inputs. Because the merger is *bitonic* it'll still
be able to merge the result correctly.

src/sn_network.[ch]: Implement `sn_network_shift'.

src/sn_stage.[ch]: Implement `sn_stage_shift'.

src/sn_comparator.[ch]: Implement `sn_comparator_shift'.

src/sn_network.c: Add folding markers to all functions.

Merge branch 'ff/libpopulation'

src/sn-evolution.c: Make peers and #threads configurable at runtime.

src/sn_network.c: Fix a bug/typo in the unserialize code.

sn_network.[ch]: Implemented (un)serialize functions.

sn_stage.[ch]: Implemented (un)serialize functions.

sn-evolution: Use the `libpopulation' library instead of `sn_population'.

src/sn_population.c: Removed some debug messages.

Merge branch 'master' of git://git.verplant.org/sort-networks